El paisaje vegetal de El Molar guarda un equilibrio entre las características ecológicas de la zona y la continua intervención humana.
Condicionado por sus características geológicas en el Molar se distinguen básicamente tres niveles de vegetación diferente. Uno sobre suelo silíceo, otro sobre suelo calizo y un tercero a todo lo largo de la ribera del Jarama y de buena parte de sus arroyos. Pero la presión agrícola y ganadera sobre el entorno, ha creado un paisaje completamente deforestado donde predominan básicamente los arbustos semileñosos, como son los tomillos, retamas, etc, y las herbáceas, como gramíneas y leguminosas.
Al sur del término se ubica un pequeño y hermoso encinar mezclado con robles, (conocido también como rebollo o melojo, sus bellotas son muy apreciadas por el ganado) quejigos, denominado Monteviejo, sobre suelo arenoso moldeado entre suaves lomas y vaguadas, especialmente en las márgenes de los ríos y arroyos..

Botánicamente es interesante decir, que en el límite entre las calizas y las arenas terciarias, se sitúa la línea de máxima expansión en el desarrollo natural del olivo. En los cerros calizos se desarrolla un tipo de vegetación diferente basado en el coscojar, aunque es prácticamente inexistente, apareciendo en su lugar gran cantidad de espliegos, tomillos, romeros, retamas, lino blanco y muestras herbáceas como la orquídea en forma de abeja.

El cerro de la Corneja, también calizo, fue reforestado en el siglo XX con pino silvestre.
En la vega del Jarama abundan, debido a su carácter hidrófilo, los árboles caducifolios formando bosques de ribera o de corredor. Así aparecen sauces, chopos, fresnos y olmos con una gran variedad de arbustos espinosos como zarzas y rosales silvestres.
En este mismo entorno resaltan los Tarais que dieron nombre a un paraje junto al Jarama, la Huelga del Tarahal, y que es el origen de la palabra Taral con la que los lugareños identifican la romería anual de su patrona la Virgen del Remolino. Cabe mencionar el “Monte de las monjas” compuesto de grandes Chaparros y Retamas que se encuentra cercano a la urbanización Santo Domingo, es decir lindando con el término de Algete,

Entre la fauna de El Molar, que es zona llana entre cerros, abundan animales propios de las estepas cerealistas. Entre ellos destacan las liebres, perdices, codornices y alcaravanes. En el curso del río Jarama se pueden observar los ejemplos más significativos de la fauna fluvial como las ratas de agua, culebras de agua, ranas, etc. y entre sus arboledas, sobrevuelan aves como las oropéndolas, los simpáticos rabilargos o las abubillas, zorzales...Según las épocas del año se ven además palomas torcaces, tórtolas, cernícalos y avefrías.

Entre los mamíferos de mayor talla, no son muy abundantes ni grandes cazadores, sirvan de ejemplo los zorros, ginetas, comadrejas y erizos.

Pero, en el Molar, como pueblo con una larga tradición ganadera, se ha desarrollado una especie ovina autóctona y propia de su tierra conocida con el nombre de RUBIA DE EL MOLAR. Esta oveja, cuyos orígenes se desconocen, tiene paralelismos con la raza Lacha y parece pertenecer al tronco Churro. Tradicionalmente se ha considerado cruce de una ganadería de origen vasco, de los señores de la villa, con las razas manchegas tradicionales de la zona. De aquí se extendió a todo el valle del Jarama y aunque hoy se encuentra en franca regresión, se están haciendo esfuerzos por recuperarla debido a la indiscutible calidad de la leche, por la elaboración de quesos, y al excelente sabor de la carne de sus corderos.