El origen de El Molar no se conoce con exactitud. Los yacimientos arqueológicos detectados en el término son escasos y todos ellos corresponden a distintos momentos de la Edad Media. La ausencia de testimonios de otros periodos culturales se debe sin duda a la falta de prospecciones , ya que existen indicios en las fuentes documentales y referencias que apuntan al menos al paso de Anibal por estas tierras, al igual que quedan documentadas la existencia de varias atalayas de su red de comunicaciones que, posteriormente, fueron reconstruidas en época de la dominación árabe.
Es por ello que nos basamos principalmente en conjeturas, pero, lo que parece casi seguro, es que los primeros moradores de la zona debieron ser de origen celtíbero, pues un enterramiento hallado en los Tintos de un hombre en posición fetal dentro de una vasija rodeado de su ajuar funerario, así lo atestigua.
Del periodo de la Edad Media, quedan aún más restos. Se tiene referencia, por las fuentes, de una atalaya, enclavada en la antigua carretera de Francia entre El Molar y San Agustín del Guadalix, hoy desaparecida siendo usado el lugar como punto geodésico.

En el siglo VIII había formadas ya cuatro aldeas en lo que hoy abarca el municipio. Éstas eran Aristón, Casas Viejas, Valdelarría, y la denominada Mola o el Molar y se cree que los fundadores de estas aldeas fueron pastores Segovianos. Ya en el siglo XII destaca Mola por su estratégica ubicación entre un cruce de caminos y flanqueada por cuatro cerros.

Como prácticamente la totalidad de la península Ibérica, el Molar fue ocupado por los árabes. Quedan testimonios de la etapa emiral, pues formaba parte de la llamada Marca media del Tajo, y estos constituyen una serie de pajares en diferentes despoblados, como el del Cerro o el de los Ardales. También quedan restos de la ocupación mudéjar, que están documentados en el recuento realizado por el Conde de Salazar de los moriscos castellanos a su paso por Burgos. La citada población, tenía un fuerte carácter rural y agrícola, dedicándose principalmente a la explotación de la tierra.

Después de la Reconquista y la posterior repoblación en época de ALFONSO VI en 1085, el Molar pasa a pertenecer a Talamanca y con ella al Arzobispado de Toledo. Desde entonces se acepta una nueva nomenclatura toponímica, derivada de su situación geográfica, como es el caso de Valdepiélagos, Valdetorres, que derivan de valle o el Molar, que deriva de Mola.

El Molar dependió de la cercana Talamanca hasta 1564, fecha en que Felipe II le concedió el Villazgo a Don Antonio de Equino y Zubiarre y su esposa, naturales de Azcoitia, Guipuzcoa. Tres años después se efectuó el deslinde del territorio entre Talamanca, El Vellón y Valdetorres.

Sus vecinos debieron dedicarse con esmero a la agricultura de cereales y a la ganadería, como habían hecho hasta entonces. De su trama urbana podemos decir que era de corte medieval. Debía estar centrada en un núcleo formado por una Iglesia y las dependencias de los señores del lugar. No quedan restos de aquellos, pero debieron ser de factura gótica de transición al Renacimiento, pues datan de 1597.

La ubicación Geográfica de El Molar junto al antiguo camino de Francia, fue causa de numerosos acontecimientos históricos que marcaron el futuro de la población; en Enero de 1710 los ejércitos Ingleses del Archiduque de Carlos de Austria, arrasan la villa en su marcha hacia Madrid.

Tampoco quedan evidencias significativas de la villa a lo largo del siglo XVII. Es por tanto de suponer que no existieron grandes cambios. Pero, el siglo XVIII nos ha dejado diversos documentos que permiten seguir el devenir del pueblo durante ese periodo.

En 1753, en el catastro del Marqués de la Ensenada, El Molar pertenecía al señorío de Veroiz, integrado en la provincia de Guadalajara. El casco urbano estaba integrado por la plaza principal, formando grandes manzanas escasamente edificadas. Algunas de aquellas casas aún perduran. Se conservan también las llamadas Cuevas del Vino, que ya entonces eran utilizadas como bodegas. En cuanto al manantial de aguas medicinales, conocido como de la Fuente del Toro, se sabe de su existencia desde 1697, que empiezan a documentarse gracias a la cantidad de visitantes que se acercan a probar sus aguas.

La historia nos habla de El Molar por el paso en Julio de 1808 de las tropas napoleónicas para conquistar la península Ibérica. Se ceban con la población durante la guerra de la Independencia, cuando José I se retiró de Madrid. En 1823 el general Zayas pone su cuartel general en la villa para hacer frente al ejercito francés de “Los cien mil hijos de San Luis” , estos dos hechos históricos lo más significativo del siglo XIX en el Molar.

Por lo demás, en el siglo XIX el municipio apenas sufrió cambios. Se cree que vivían unas 1150 personas con una economía de cereales, leguminosas y ganado lanar. La industria era escasa, contaba con un molino harinero, una tejería y una arrieria. La actividad comercial constaba de tres tiendas de paños, algunos puestos de vino y comestibles, así como la exportación de los llamados por los coetáneos de la época frutos sobrantes e importación de pieles, calzados y demás artículos de que carece la población.

Pero también por su cercanía a la importante vía de comunicaciones (camino Madrid – Francia)El Molar se convirtiera, desde finales del siglo XIX en uno de los principales centros comerciales de la sierra norte Madrileña, a donde acudían a abastecerse las pequeñas poblaciones de los alrededores, adquiriendo así la villa riqueza y desarrollo.

La tipología urbana es cada vez más compleja, compuesta de casas más modernas, un ayuntamiento, la cárcel , dos hospederías y un parador para diligencias. La plaza Mayor o de la Constitución quedó totalmente terminada y el balneario de la Fuente del Toro era visitado con asiduidad. Fue ya a finales del siglo cuando comienzan las construcciones del Canal de Isabel II formando una compleja red de acueductos, sifones y almenaras.

En el primer tercio del siglo XX, el municipio recibe la visita de grandes personalidades buscando las aguas milagrosas y veraneando en el municipio y el Molar alcanza su periodo de máxima prosperidad. Truncado sin duda por los estragos de la Guerra Civil que no sólo termina con el Balneario y la ermita, sino que diezmó la población. Un breve periodo de inestabilidad que fue restablecido con normalidad en la época franquista. Desde entonces las labores de reconstrucción y la repoblación del municipio han convertido el Molar en un municipio cargado de encanto que, aunque continúa con las labores agrícolas y ganaderas de antaño, ha sabido adaptarse a las exigencias de la época y los tiempos actuales. De sus adentros han surgido tradiciones, cultura, fiestas y una identidad propia que merece ser estudiada en profundidad. También personajes distinguidos en la historia de España son oriundos de sus calles. Sirva como ejemplo su hijo el médico D. Carlos Jiménez Díaz, que aún ennoblece con su nombre y aportación, la citada población ya que su madre es natural de El Molar. También sirve como ejemplo los hermanos Gabriel (Pedro y Ramón) siendo este último concejal de obras del ayuntamiento de Madrid, o Germán Ortega seis veces campeón de España de tiro durante el periodo de Alfonso XIII