El Molar debe su nombre a su ubicación geográfica de Muela, por estar situado geográficamente entre cerros, además de su condición de mojón entre sierra y llano. Esta privilegiada localidad está situada a 817 m de altitud y está orientada hacia el mediodía desplegándose entre los cerros de la Torreta y de la Atalaya, , además de dar paso a la sierra madrileña. Son sus municipios limítrofes el Vellón, San Agustín de Guadalix, Talamanca de Jarama, Valdetorres,Algete, Colmenar Viejo, Fuente El Saz y Pedrezuela.

En lo que se refiere a su medio natural, el Molar es un lugar francamente privilegiado pues participa de zonas típicamente de sierra, de campiña y de vega, a la vez de pertenecer a la cuenca hidrográfica del Jarama, situándose al oeste de dicha vía fluvial.
La cuenca del Jarama, que es un afluente del Tajo, se considera una de las lindes entre Madrid y Guadalajara, pues actúa como límite oriental de la Sierra de Guadarrama, en un lugar denominado el Hayedo de Montejo.

El Clima del municipio es continental con temperaturas extremas en ambos solsticios. La proximidad de las montañas y su situación entre cerros testigos, confieren rudeza a las temperaturas, siendo severas en invierno y de ambiente seco en verano.

Tanto la situación geográfica como su clima convierten estos parajes en un lugar privilegiado donde comulgan el medio urbano con el entorno típicamente rural con zonas verdes y una amplia red hidrográfica. El Molar forma de Norte a Sur una especie de espina dorsal que separa las cuencas hidrográficas de los ríos Jarama al Este y Guadalix, tributario de aquel, al oeste, dividiéndolo en dos partes más o menos iguales.

Su gran peculiaridad hídrica es su famosísima Fuente del Toro, manantial de aguas nitro-sulfurosas con demostradas propiedades medicinales que ha atraído a gran número de curiosos y visitantes. Cuenta la leyenda que un ganadero se había visto obligado a apartar de su rebaño a un novillo gravemente enfermo y a punto de morir. Sediento, el animal fue a pacer a una charca detrás del actual cerro de la Corneja, de donde bebió de sus aguas. Al poco tiempo, y para asombro de su dueño, el novillo sanó y el ganadero dio a conocer las propiedades milagrosas de las aguas a todo el pueblo. Se buscó el manantial, se canalizó y se bautizó como Fuente del Toro.

Estas aguas ya alcanzaron renombre durante el s. XVII, y mucho más en el siglo XVIII, extensamente alabadas en las fuentes documentales por sus efectos terapéuticos en vientre, obstrucciones intestinales, dolores de pecho y cabeza. En ellas se han bañado afamados personajes de la Historia de España como la Duquesa de Alba, Goya, Godoy, el conde de Romanones, San Vicente Vicuña, la infanta chata o hermana de Alfonso XII...

En la actualidad los restos del balneario, la cueva artificial donde estaba el manantial y sus jardines son propiedad privada y no se pueden visitar.